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南京城被攻破本来是件好事情，但李仙听了这个消息后却大为生气，甚至当面指责王九玄擅自用兵，打破了混元宗和三元观多年来一直共同进退的默契。
至于天地会和北方门派等，心情复杂，态度暧昧，却都不想卷入双方之间的争执去。
李仙倒不是不想打南京，而是想利用南京吸引来清廷和异人殿的更多兵力，然后一鼓而下，为之后的进一步北伐奠定基础的。
而且，混元宗之前招募了五万新兵，对新兵的培训刚好到关键时期，因此想着到1848年春天才去进攻南京的，没想到一不留神就让三元观和太平军拔得头筹，将最富有的江南城市拿走。
三元观事后倒多方解释，说己方只是因势利导，并没有甩开混元宗单干的意图，但只看三元观在此次战斗中投入的大量兵力和物资，就知道这是三元观准备了很长时间的战斗，绝不是什么临时发挥。
不过，事已至此，混元宗上下群情激奋也没什么大用，还得按照当前的新局面调整整体战略。
南京陷落不久后，混元宗就派遣海军进入长江，对残余的清廷长江水师给予毁灭性打击，一下子就夺得在长江的制江权。
这还不够，混元宗趁着三元观和太平军在南京分赃不均，正在争吵的当口快速出兵，将与之不远的镇江和扬州等地都打了下来。
镇江也还罢了，扬州可也是著名的打成，光是城内人口就有六十多万，混元宗这一战就收获了一千五六百万元的财物，虽然比不上打南京的收获，但也不无少补。
另一方面，三元观和魔教在南京也有了五六千万元的收获，但之后为了多占这些财物，差点都互相动刀子。
最后，还是华夏盟大量门派的干预，特别是甚至派三万军队到南京城下，美其名曰为盟友们助威，这种情况下双方才没打起来，都悻悻然住手，想办法商讨出相对合理的分配方案来。
这一幕，自然被混元宗上下讥笑不已，后来还多次拿出来嘲笑这两个门派。
之后，三元观和魔教都想拿下南京作为自己的根据地，只是又都不愿意跟对方分享，甚至为此爆发先天之战，与这两个门派交好的多名先天高手以比武切磋的名义出手，暗中较劲。
最后，三元观考虑到自家也有强大的海军，就算拿不到南京，在漫长海岸线上随便找到一个足够大的城市占领也不是什么难事，才同意将南京城让给魔教做根据地，但也让魔教拿出足足五百万两银子，作为买断南京城的费用。
清廷的御用文人们拿这事情大肆炒作，说造反者们内部纠纷重重，就是朝廷不打过去，也有可能自己火并，认为叛军就算一时强盛，覆灭也是早晚的事情。
之后，华夏军出兵重新攻占苏州，三元观则占领苏州和南京之间的常州，摆出共同对抗清廷的架势。
这样一来，清廷最担忧的事情发生了，西边的太平军和东边的华夏军在南京城下实现事实上的汇合，几乎切断了长江以南地区对北方的联络，在江南各地的清廷部队，就只剩下被各个击破的份了。
之后的战争发展形势，也证明了这种担忧是非常正确的。
混元宗作战向来不愿意多占地盘，不想为驻守城市而分兵，但夺占扬州后，混元宗却不像以前那样只抢财物后就退出去，而是派出一支两万人的部队在扬州驻扎起来，成为进攻清廷的最北方的桥头堡。
这时候，所有人都突然警醒起来，混元宗的总兵力已经达到八万人，从南到北的根据地里还有五万以上新兵在接受训练，远不是以前士兵精悍却少的情况。
李仙派去驻守扬州的是原来的海军陆战队指挥官乔大青，他在扬州驻扎下来后，依托地形建立极为牢固的防守阵地，又能通过长江获得各种补给和支援，之后清军虽然多次反扑扬州，但均以失败告终，反而成就乔大青的赫赫威名。
在之后的一段时日里，江西、浙江和福建的清军几乎没能组织什么有效的反抗，基本是望风而降。
不管是混元宗、三元观还是太平军，甚或天地会和其他造反盟友，在这一时期均在快速扩张兵力，多占领地盘，其军事实力均出现天翻地覆的变化。
1849年春，李仙终于率领五万精锐重新登陆莆田，然后到九连山，步步推进，绝不冒进，与异人殿留守九连山的守军发生多场殊死战斗。
洞天福地毕竟算是另一个世界，普通士兵在里头生存都困难，用起兵来非常麻烦，因此就算在主世界占据绝对优势的情况下，进攻有大量高手驻守的洞天福地也绝不是什么容易的事情。
要不然，清廷之前拥有天下，又有异人殿的修士辅助，也不会只能占领十几个洞天福地，其余地方任由敌视自己的武学门派占据，就是连三元福地这样离广州很近的地方也由得三元观经营。
还好，李仙这次做足了准备，军中高手无数，但是先天高手就有二十人以上，而九连山的实力在之前的战斗中受到极大削弱，又有大量高手被抽调，此时的防守力量处在数百年来的谷底。
不过，这一战依然打得天翻地覆，混元宗足足打了半年才将九连山拿下，光复了著名的南少林福地。
这一战，一方面大大鼓舞了天下武林的士气，另一方面也标志着混元宗有了自己独立的福地，不需要再跟三元观挤在一起，对混元宗而言，其意义不比南京的陷落差多少的。
在1849年年底的时候，长江以南九成以上的地区都落入造反者们手中，使得造反势力和清廷之间的势力对比发生根本的变化。
只是，随着占领的地盘越来越多，造反者们之间的摩擦也越来越频繁，别的不说，广西魔教自持为魔尊留下的正统传承，甚至自称太平军，不愿意加入各大门派组成的华夏盟，只承认跟华夏盟是盟友关系，其心思昭然若揭。
不过，这样一来魔教也得罪了华夏盟大部分门派，而且搁置了百年多的正邪之争也不见得完全平息，魔教就开始被华夏盟有意无意地孤立起来。