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新辽军攻下袁州城后，由于原先的官府早已经被叛军捣毁，陷入无序状态，而江西巡抚又被张献忠吓得躲在南昌府不敢出城，哪里还管得到袁州城这边的事情。 (
为此，墨离便以湖广总督的名义，榜招贤，任命新的地方官员，搭建袁州城的行政架构，管理民生事务。
同时，大军继续前往临江府继续追击叛军张献忠。
新辽军在清江和新化与张献忠的叛军连战两场，杀得叛军纷纷落荒而逃，丢盔弃甲。
张献忠知道新辽军的厉害，于是不敢再围攻南昌府，亦不敢再逗留，继续向北往九江方向奔去，打算与王自用汇合。
甚至有些叛军在得知新辽军追来之后，纷纷大惊失色的叫了起来：“新辽军来了！墨家军来了！大家快跑！”
一时间，墨家军的大名在湖广江西一带开始流传开来，声名赫赫，不仅张献忠闻风而逃，就连那些各地的绿林强盗，各种毛贼也为之胆寒，纷纷跟随张献忠一窝蜂的往北跑。
江西巡抚帐下的兵马遇着张献忠的叛军是纷纷溃退，张献忠的叛军听了墨家军的风声随即闻风而逃，这是何等的讽刺？同样都是大明的官军，为什么人家墨家军就这么能打？而自己的兵马却这么窝囊？
因此，尽管墨离带着大军在江西境内一路追击张献忠的同时，也毫不客气的自行任命新的各地方官员，江西巡抚却也是不敢有什么异议。
本来也是，你自己身为一省巡抚，却屡屡丢城失地，皇上、朝廷不追究的罪责砍你脑壳就已经是烧高香了，现在这些失地都是人家墨家军收复的，俗话说国不可一日无君，地方也不能一日没有人员管理，现在他墨离就地任命新的官员，你还能有什么异议？
袁州府、吉安府、赣州府、临江府等等江西大半的地方均被叛军蹂躏过，所有行政系统均已瘫痪。墨离率着新辽军一路追击，收复数十州县，重新任命官员，管理地方。
孟轲也没有让墨离失望，几天后便将宋应星以及其家人一起接到了袁州城。
墨离很欣赏宋应星的才华和对科学研究的态度，当即聘请他为岳麓书院的教授，与雷洛他们一起，一边进行科学研究，一边培养科技人才。
而宋应星也被墨离的诚恳所打动。墨离贵为一省总督，却对他一个屡试不第的落魄举人信任有加，关怀备至，深深为他的礼贤下士所感动，从而带着十二分热情投入到教学和研究工作中去。
而墨离则一边追击张献忠，一边搜罗各地人才收到麾下，为自己管理地方效力。
而且，这一路下来，也接收了不少新兵。这些新兵，既有叛军俘虏，也有一些失散的明军溃兵，另外还有不少是慕名前来投奔从军的各地青年。
待到大军行进到九江的时候，墨离麾下已经展到了近十万人马。
再加上武昌的曹变蛟、杜耕、周遇吉等人的队伍，兵力接近二十万。如果再算上李过和墨离留守长沙等地的兵力，墨家军现在的总兵力达到二十六万左右。
这个数字无疑是很巨大的，对于墨离这样一个一省总督来说，自然是出编制了。
这个时候，明眼人一看便知，墨离的志向已不仅仅是为大明剿贼平寇这么简单了。军中的高级将领，其实都已经隐约明白墨离的筹划了。
不过，墨离并没有让卢汉章等太监知道墨家军的具体兵力数量，跟他说只有十来万人马。所幸墨离和他一直都合作的很好，而他也基本不太关心和过问军事上的事情。
追到建昌的时候，墨离闻报曹变蛟、杜耕、周遇吉于日前攻破武昌城，王自用、拓先龄率残部逃脱，继续自广济、黄梅方向朝安徽安庆府逃去。张献忠率领残部两三万人也紧随王自用北逃，江西境内的叛军基本被赶跑，另外有一部分逃入鄱阳湖水域。
攻下武昌后，曹变蛟等人又先后收复了应城、景陵、黄陂等城。自此，湖广境内的叛军要么被剿灭，要么随王自用逃到安庆、徽州、浙江等地。
之后，墨离听说李自成和罗汝才等人的农民军自卢象升北上大同后，又迅在陕西、山西、河南等地死灰复燃，声威越来越浩大之后，急忙传令留守陵川的魏洪加强防卫力量，严防农民军攻城，破坏、甚至毁掉陵川这个先行改革的根据地。
同时，墨离又派周遇吉率兵三万北上，以新任襄阳总兵的身份进驻襄阳，镇守湖广的北边门户，整顿襄阳以及周边州县的城防力量，严防李自成叛军南下湖广。
之前湖广的三大总兵因为剿匪不力，不是被崇祯撤掉，就是投降了叛军。墨离就任湖广总督之后，曹变蛟也被任命为武昌总兵，襄阳总兵和长沙总兵由墨离自行任命。
墨离任命周遇吉为襄阳总兵，关锋为长沙总兵。
逃往安庆的王自用、张献忠等叛军，墨离则派马进忠率四万大军继续追击，以追贼的名义，堂而皇之的进入安庆，这个时候，想来安徽巡抚也不敢有什么意见。
曹变蛟负责整顿武昌的军务，操练兵马，同时，墨离还让他筹建一支水师，以应付将来的水战、海战。
十七世纪也是航海时代的黄金时期。很多伟大的航海活动也是在这一个时期进行的。西方的那些殖民国家，哪一个不是靠着强大的海军从海外掠夺资源而让自己本国的经济腾飞？
而未来的资源争夺，就是海洋利益的争夺，谁拥有一支强大的海军，谁就有了称雄的资本。
现在虽然连大明境内的敌人都还没击败，还没统一，但凡事预则立，不预则废，想拥有强大的海军，现在就得着手布局，从训练水师开始。
除了组建水师，墨离借口鄱阳湖还有很多叛军尚未清剿，让程青竹率军继续滞留在南昌、九江及鄱阳湖一带活动，追击残敌。
至于自己，则率兵返回长沙，坐镇长沙，一边安排各地开展土地改革，展生产，一边遥控指挥各处大将剿灭叛军。
现在摊子铺大了，不可能每一次战斗都靠自己去指挥，得学会放权让部下去挥了......