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控制广州府后，张鹏飞一面巩固防御，一面开始治理地方。
政治上张鹏飞清除了忠于明廷的官员换上自己的亲信，并澄清官吏严惩贪污，恢复农业发展工商，巩固了在广州府的统治。
军事上他扩大军队，建立起十万海陆军，并整合广州府沿海的船坞，组织工匠雇佣葡人技师打造战舰。
在发展过程中，张鹏飞感觉西式人才的缺乏，便将主意打到澳门头上了，西元1643年七月，张鹏飞派出一万大军从水陆两路包围了澳门，并给葡澳当局下了最后通牒，命其三天之内投降，普澳当局在权衡了双方的实力以后，明智的挂起了白旗。张鹏飞便下令将澳门境内的葡人华人中有才能者全部量才录用。
张鹏飞又派兵占领琼州府，并招募苦力开挖石碌铁矿，他利用广州佛山的炼铁工匠和葡人的一些炼铁技术在石碌建立了新的钢铁基地，又将澳门卜加劳炮厂和万山炮厂合并，建立了规模和技术在全世界也数得上号的佛山炮厂。
正当张鹏飞全力经营，使广州府一切欣欣向荣的时候，西元1644年4月25日，也就是明崇祯十七年三月，崇祯帝于煤山自缢殉国，李自成进入北京。
李自成在进入北京后，因为追赃助饷和招安吴三桂等问题上出现一系列错误，导致吴三桂引清兵入关，在清军和吴军的联合进攻下农民军于一片石战败，李自成于*退出北京，第二天，多尔衮进入并定都北京。此时福王朱由崧在南京即位是为弘光帝。
张鹏飞趁机向南京明廷上表请降，南京方面正要巩固统治，便答应招安，任命张鹏飞为广州总兵，实际控制广州府。
又过一年，清兵南下，弘光帝被吓破胆，下诏天下勤王。张鹏飞义无反顾的带领百艘战舰和一万水军于万山岛誓师，北上勤王。
弘光朝的兵部尚书史可法在扬州抵抗，城破，清军在扬州屠城十日，史称“扬州十日”，扬州百姓死难八十余万，是后世日军南京大屠杀的三倍！
张鹏飞率军抵达南京江面时，已是四月中旬，他对扬州发生的事无能为力。入城朝见弘光帝，张鹏飞发现这朱由崧胆子小了些，但也没有历史上说的那么不堪。从皇宫出来，张鹏飞便去前往秦淮河见识一番，结识了在此议论国事的复社众才子和国子监监生郑森，也就是后来的郑成功。
当时郑芝龙之地郑彩也率郑氏舰队两万余人布防于南京江面，但郑彩见江北明军迅速溃败，便欲率军东逃入海。
张鹏飞得到消息，紧急约见郑森，郑森得知郑彩想临阵脱逃也十分气氛，于是张鹏飞派海豹队和郑森一起前往郑氏舰队，突袭并抓住郑彩，助郑森夺取郑氏舰队的领导权。
此时多铎率大军已经抵达江北，张鹏飞和郑森联合防御江面，双方大战一月有余，清军不但无法渡江，反而损失惨重。
此时在长江中游的阿济格听说多铎受阻，便派三千精骑从长江南岸昼夜兼程突袭南京，沿途明军望风而降，清军于六月抵达南京城下。
弘光君臣见到清军，还以为长江防线崩溃，举朝大惊，弘光帝弃城而逃，大臣开城投降，南京失陷，正在江上与清军对峙的张鹏飞和郑森见无力回天也只得顺江而下逃入海中。
弘光帝逃入黄得功军中，没想到黄得功也很快败亡，弘光帝为叛将田维所擒，欲送往清营邀功，不想半途却遇上一支神秘的部队，杀死田维劫走了弘光帝。原来张鹏飞早知此事，便派一支精锐在半路等着。
张鹏飞救出弘光帝将之带往广州，弘光帝封其为兵部尚书、两广总兵。从此张鹏飞挟天子以令天下，很快便控制整个岭南。
这时清军进入福建，郑芝龙降清，被胜利冲昏头脑的清军便派李成栋率四万人进攻广州。
张鹏飞闻训亲率大军十五万前往迎击，一场大战，李成栋兵败被俘。张鹏飞恼其是扬州十日的主凶之一，将之连同数百军官全部凌迟处死。
多尔衮收到战报本欲大举讨伐却被降清的洪承畴劝阻，洪言道张鹏飞本也是明庭叛将可以招降。多尔衮便派在南京时和张鹏飞关系不错的降臣前往广州以平南王的头衔诱降。
张鹏飞秘密接待了清使，言道自己也打算投降，不过级别太低的人他有些信不过，希望清庭能派几个重量级的人物过来，比如范文程和洪承畴，最好还能派个王爷过来和张鹏飞盟誓，当面封张鹏飞为平南王，世代镇守岭南，这样张鹏飞才会投降，并将弘光帝交给清军。
多尔衮得到的回报，便派范文程和鳌拜前往广州招降，张鹏飞在广州皇宫接待清使，当即将范文程下油锅炸成人干，又将鳌拜等其他满清人员前部扔进御花园中的虎园喂老虎。
多尔衮闻讯大怒，派多铎带十七万清军进攻岭南，清军一路声势浩大，连张鹏飞手下一些地方官员都顶不住压力而降清。
为了鼓舞士气，张鹏飞带上弘光帝，以瑜伽清蒸为名，带领岭南明军主力三十万前往迎击，双方在摆开阵势大战，明军损失惨重，但还是顶住了清军的攻击。
战局僵持三个多月，清军粮草不济士气低落，而明军得到两广各地不断援助实力越来越强。
多铎见正面无法获胜，便派带三万精兵偷袭广州，没想到却在水泥浇筑堡垒火炮林立的广州城墙下碰的头破血流。
张鹏飞听到消息，立刻调兵遣将切断了广州城下清军的退路，并全歼了这支清军。
此时汇聚到张鹏飞麾下的两广军民已有六十余万，且士气高涨，张鹏飞发起进攻将清军包围起来，并动员军民修筑工事围困清军，还修筑炮台，安置数百门远程重炮昼夜轰击清营。
清军陷入绝境拼死突围，张鹏飞适时发起总攻，经过三天的激战全歼清军，阵斩多铎。清军有三万多人向明军投降，其中女真人全被坑杀，汉人全部发往矿山为奴。
获此大胜，部下纷纷劝说张鹏飞立刻北伐收复江南和中原，但张鹏飞拒绝了这个建议，反而开始整顿内政和进军南洋。