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旧历九月下旬的时候，从列岛回师后的庞大船队已经开始运载着新一批的队伍展开了登陆。这一批三个步兵旅左右的队伍没有携带队属和船队之外太多的攻坚臼炮弹了，火力上似乎便弱了一些。但在南九州和江户以南海湾的大战之后，整个列岛也再也没有多少像样的水师能够在海岸之外给予新军登陆增援的部队以有效威胁了。
临近深秋时节的大海上气候和风向变换不定，舟山以北的海域海面上也不像以往那样平静了。出发后的船队在刚刚进入大海深处之时就遇到过不小的风浪。但船队却没有因此受到太大的损失。
石垒所率领的第三旅和王新盟所率领的第四旅是去年经历了南征北战考验的部队，这秋季日本附近海域上的风浪比起在南海和福建附近海面上遇到的那些并不值得怎样大惊小怪。而且在东南作战的时候两个旅补充外加缴获，获得了不少出外海方面的人才乃至经验。只要不是不幸的遇到海上的风暴，寻常的大风大浪已经无法干扰这些曾经驾御着小船和风浪搏斗够的骨干们了。马冲昊所率领的第五旅远洋和水战经验差一些，但也从第三旅和第四旅乃至海军队伍里获得了不少这方面的人才。三个步兵旅群的船队展开宽广的队形直接向东面的大海深处展开了航行。终于在每隔五十里左右的距离就有一艘帆影的海上“导航船”的情况下没有一艘船最终发生偏航或迷航，顺利的抵达南九州附近的岸边，并与临时驻守在这里的归属第二旅的船队汇合。
这半个月左右的时间以来第二旅群已经完全控制了南九州的主要据点，并从炮兵和步兵中一千五百名官兵编为十个治安战中队、三十个治安战小队、基本完成了对整个南九州重要地域的控制。在这个过程中也有不少人口或是被清洗，或是逃亡到了更为富饶的北九州一带。因此刘洪涛在完成了对南九州的基本控制之后已经准备好了对北九州的征讨。
按照原本的计划，征讨日本的六个步兵旅群将由两个首先展开对九州岛的攻略并扫平岛上的一切敌人。但是刘洪涛觉得并不需要如此的麻烦，以第二旅控制整个九州岛乃至临近的四国一带实际上是戳戳有余的。因为日本的人烟耕地稠密地带的分布比事先想象的还要更为狭小，主要的富饶地带集中在北九州，京都，名古屋，江户圈那少数几个核心平原地带。
占领了这些核心平原地带再向外辐射控制相对孤立的聚集区，整个日本的核心行政区实际上要比中原人烟稠密的地方还要更稠密一些，大概可以堪比江浙一带了。因此，依托据点的殖民控制难度并不像想象中的那样大，以小队为基本据点基本上可以完善将主要核心抵达纳入视距内构成的监视网内，最大限度的达到占领和控制。
“北九州的残敌我觉得第二旅的官兵们负责解决就已经足够了。这一带的人口差不多也应该是整个列岛的十分之一到六分之一。如今我们的当务之急是迅速攻占京都与名古屋一带，并增兵江户。以这些心腹之地为依托向北推进和扩散逐步达成对整个列岛的军事占领。”刘洪涛说出了自己的打算。石垒对此觉得也没有什么问题，就继续率领规模不小的船队沿着海岸向东前进。
旧历九月二十六日清晨，携载着三个步兵旅群的近二百余艘海船抵达京都附近的海面上做好了登陆作战的准备。
同刘洪涛、高海量等人在南九州与江户等地的登陆不同，船队并没有在四国至本岛一带的海面上遭遇前来拦截的船队，甚至没有从船上望见岸上严阵以待的大军，石垒所率领的第三步兵旅就顺利的在京都附近的海滩展开了登陆。
携载着第四旅和第五旅的船队继续沿着海岸向东前进。王新盟率领的第四旅准备在名古屋附近的平原登陆，而马冲昊率领的第五旅则准备直接增援江户一带巩固关东平原附近的占领并进而向整个本岛的中北部前进。
已及而立之年的政仁后水尾天皇在清晨刚刚醒来的时候就得到了新朝新增援而来的大军逼近海岸附近的消息。然而对这一切，政仁却没有太多的震惊和意外。不久前从江户那里就穿来了德川家在短短的时间内于自己所在的江户城附近被登陆上岸的新朝强兵打的大败的消息。远非当年的蒙元可以相提并论的强敌战力也在之后的不少作战中得到了证实，整个列岛的沦陷不过时间问题了。
如果说当年的朝鲜面临外敌入侵的时候还可以指望上国大军，而如今的列岛唯一的希望就在于强敌不至于过于霸道，至少能够保留天皇皇室地位，哪怕像以前最不利的时候那样仅仅做个更甚于当今的傀儡也好，那样列岛说不定还能保留一丝元气并有复兴的希望。
政仁天皇没有打算像江户城的德川家或是南九州的岛津家那样展开顽抗，而是在得到消息后就将早已准备好的降表由使着带领前去同上岸的新朝大军接触。
这种行为如果是在十几天前，不要说德川和子皇后，就是倾向朝廷的心腹也决然不会接受。可是在新朝大军在列岛势如破竹的当下，朝内在也没有谁对此持有意义了。
石垒率领的大军按部就班小心翼翼展开登陆的过程中几乎没有遭到任何抵抗，连远处的围观和骚扰也没有。这使得战士们越发觉得不安，似乎将要面临什么大规模的埋伏一样。只到整个大军乃至所携带的火炮与后勤物资乃至马匹全都完整的登上了岸，石垒的心才终于安了下来。
正准备向京都古城展开推进的时候，遍遇到了政仁天皇派遣的求和来使。石垒担心这可能是拖延时间的换兵之计，除了将来使直接扣押之外并不予以理财，反而加快了行军速度并以最快的速度带领部队完成了对京都城的包围。